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EC2のSSHのログは確認できますか?
Ubuntuの場合「/var/log/auth.log」に出力されていると思います。
ログを確認してFiji ImageJで接続した際に何かエラーが発生していないか確認してみてください。
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ありがとうございます。Logを参考にsshd_configにssh-rsa keytypeを追加したところ解決しました。