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RDSが起動しているサブネットがパブリックサブネット (ルートテーブルにインターネットゲートウェイ宛のルートがあるサブネット) になっているか確認が必要だと思います。
RDSでパブリックアクセスを有効にしていてもパブリックサブネットで起動していない場合はアクセスができません。
ちなみにパブリックアクセスを有効化しないで以下のブログのようにSystems Manager Session Managerのポートフォワーディング機能の利用した接続方法もありますので、こちらの利用も検討してみるとよいと思います。
https://aws.amazon.com/jp/blogs/news/use-port-forwarding-in-aws-systems-manager-session-manager-to-connect-to-remote-hosts-jp/
回答ありがとうございます。 ご指摘の通りサブネットの確認と設定を行ったところ、アクセスできるようになりました。 ありがとうございます。