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もう一度カスタムAMIを起動しなおしてみて、ログを確認しました。
よく見たら、cloud-init 実行時に 「in emergency mode. 」となっており、 カスタムAMI作成時のfstabのエントリーに誤りがありそうなことがわかりました。
このため、この質問はcloseとさせていただきたいと思います。 ご迷惑をかけし、申し訳ありませんでした。
（EC2シリアルコンソールに出力されたエラーログ）
[ 22.140253] cloud-init[2284]:You are in emergency mode. After コンソールへのアクセスを開けません、root アカウント��ロックされています。 詳細はマニュアルページ sulogin(8) をご覧ください。
続けるには Enter を押してください。 [ 25.888233] FS-Cache: Loaded [ 26.347273] Key type dns_resolver registered [FAILED] Failed to mount share-media.mount - /share/media. [DEPEND] Dependency failed for loca…s.target - Local File Systems. [DEPEND] Dependency failed for seli… the need to relabel after reboot. [FAILED] Failed to mount share-infra.mount - /share/infra. [ 26.708579] NFS: Registering the id_resolver key type [ 26.726207] Key type id_resolver registered [ 26.746245] Key type id_legacy registered [FAILED] Failed to mount share-www.mount - /share/www. You are in emergency mode. After コンソールへのアクセスを開けません、root アカウントがロックされています。 詳��はマニュアルページ sulogin(8) をご覧ください。
続けるには Enter を押してください。
正確なエラーログ (周辺のログ含む) を確認していないので正確なことは不明ですが、goofysでS3をマウントできないのであればEC2にアタッチしているIAM周りの問題かネットワークの問題な気がしています。
EC2にはどのようなIAMロールを設定していますか？
また、EC2を起動しようとしているサブネットからS3へのアクセス経路はありますか？
コメントありがとうございます。 ご質問いただいた内容について、回答します。
１）EC2に付与されているIAMロールについて カスタムAMIから起動したEC2サーバには、カスタムAMIを作成する際に作成したEC2サーバ（文章中の最初のサーバ）と同じIAMロールが付与されていますので、S3をマウントする権限は問題ないと考えます。 ２）ネットワークについて 文章中の最初のサーバと同じサブネットで、カスタムAMIを起動していますので、これも問題ないと考えます。
AmazonLinux2のときは、同じように作成しても問題なかったのですけどね・・・・ AmazonnLinux2023にOSを変えた際に行ったことといえば、 ・ssh-rsaの許可（cloud.cfgとsshd_configに追記） ・メタデータv1の許可 くらいなんですけどね。。。。
具体的に実行したコマンドと設定内容を全て共有していただけますか？ 私のAWSアカウントで再現して確認します。