CloudWatchAlarmが閾値状態(StateValue=alarm)ではcloudwatchalarmをdisableにできないということはありますか

CloudWatch Alarmが閾値状態（StateValue=ALARM）であっても、アラームを無効化（disable）することは可能です。CloudWatch Alarmの状態と、アラームの有効/無効化は別の概念です。

アラームの状態（OK、ALARM、INSUFFICIENT_DATA）は、監視対象のメトリクスが設定された閾値を超えているかどうかを示すものです。一方、アラームの有効/無効化は、そのアラームが評価を行うかどうかを制御するものです。

したがって、アラームが ALARM 状態にあっても、そのアラームを無効化することは可能です。無効化すると、アラームは評価を停止し、新たなアラート通知を送信しなくなりますが、その時点での状態（ALARM）は保持されます。

アラームの状態を変更したい場合は、SetAlarmState APIを使用して手動で状態を変更することができます。ただし、これは一時的な変更であり、通常はテスト目的で使用されます。メトリクスが再評価されると、アラームは実際の状態に戻ります。

結論として、CloudWatch Alarmが閾値状態（ALARM）にあることと、そのアラームを無効化できるかどうかは無関係です。アラームの状態に関わらず、必要に応じて無効化することができます。
Sources
SetAlarmState - Amazon CloudWatch
CloudwatchAlarmAction - AWS IoT
AlarmStateInformation - AWS Systems Manager