1回答
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現状、同期の停止や中断といったことはできないと思います。
1~2日待ってみて終わらないようであれば削除 (ステータスによってはできない可能性あり) やAWSサポートに「アカウントおよび請求」もしくは技術サポートなどでケースを開いてお問い合わせいただくのがよいと思います。
https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/bedrock-agent/delete-knowledge-base.html
