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以下のissueはECSのものですが、AWS Batchでも同じような方法で解決できるかもしれません。
「default-runtime」を「nvidia」にすると使えるようになるようです。(ただし、AWS公式の回答ではないので本当に動くのかや最適な方法なのかといった部分は不明です)
https://github.com/aws/containers-roadmap/issues/327#issuecomment-471162879
カスタムAMIの作成はこちらが参考になると思います。
https://dev.classmethod.jp/articles/dlami-for-ecs/
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