有没有一种在SageMaker中安装R库，可以接收到非零退出状态的方法？

Question

【以下的问题经过翻译处理】 我遇到了一个R kernel/Jupyter笔记本的问题。我遇到了两个不同的库出现以下错误消息：

```
Warning message in install.packages("XML", repos = "https://cran.r-project.org"):
“installation of package ‘XML’ had non-zero exit status”Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done

```

XML是我使用时遇到此问题的第二个软件包。另一个软件包是rJava。

我找到了一个解决方法，假如我有根访问权限，可以通过终端中的命令行进行安装。这涉及命令如下：

```
yum install r-cran-rjava

```

然而，我没有根访问权限，无法安装，因为我收到了“你需要是根用户才能执行此命令”的消息。因此，这个解决方法不可行。

在检查rJava和XML的文档后，我正在SageMaker中运行JDK和其他系统需求。在本地的RStudio环境中，这个问题是无法复现的。XML是多个R库的依赖项（rJava也是）。有没有办法仍然可以安装这些软件包？

Answer

【以下的回答经过翻译处理】 对于Amazon SageMaker笔记本实例，您可以扮演超级用户（即root）并拥有根权限，因此不需要使用以下命令：

`$ yum install r-cran-rjava`

您可以尝试使用以下命令：

`$ sudo yum install r-cran-rjava`

这将允许您模拟超级用户（即root）执行该命令[1]。

但是，我认为该软件包在可用的资源库中不存在（例如，可能适用于另一种Linux发行版，但似乎在yum资源库中不可用--运行yum search 'r-cran-rjava'未返回任何结果[2]）。

因此，您需要从提示符处安装R和后续安装R软件包所需的开发文件：

`$ sudo yum install -y R-java-devel.x86_64`

最后，安装必要的XML库以支持R中的XML软件包：

`$ sudo yum install -y libxml2-devel` [3]

完成后，您可以打开R（作为超级用户或个人/本地用户）并执行软件包安装：

`> install.packages("XML", repos = "https://cran.r-project.org")`

编辑以修复RJava包安装

似乎安装需要libgomp.spec/libgomp.a文件，您可以首先查找该文件：

`$ sudo find / -iname libgomp.spec`

该文件应位于**/usr/lib/gcc/x86\_64-amazon-linux/4.8.5/libgomp.spec**，如果是这样，您可以手动创建符号链接来解决这个问题：

```
$ sudo ln -s /usr/lib/gcc/x86_64-amazon-linux/4.8.5/libgomp.spec /usr/lib64/
$ sudo ln -s /usr/lib/gcc/x86_64-amazon-linux/4.8.5/libgomp.a /usr/lib64/
```

如果成功运行，您现在应该在/usr/lib64路径下看到这两个文件：

`$ ls /usr/lib64/libgomp*`

一旦确认，您可以运行 `install.package('rJava') `命令

有没有一种在SageMaker中安装R库，可以接收到非零退出状态的方法？

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